San Juan Nepomuceno nació en Nepomuk, localidad de la actual República Checa, durante el siglo XIV y ejerció de confesor de la reina Sofía, consorte del rey Wencesalo de Bohemia. La tradición cuenta que San Juan Nepomuceno murió torturado en Praga, al negarse a traicionar el secreto de confesión cuando fue interrogado por el rey sobre las confesiones de su esposa. Así, San Juan se convirtió en el mártir del sigilo sacramental.
A su ejemplo y “…con el fin de que el Infante de Marina no quebrante la consigna que se le da y la defienda heroicamente”, fue puesto el Cuerpo bajo su advocación por Real Orden del 3 de agosto de 1731, firmada en Vera Cruz, Nueva España (hoy Méjico); y refrendado el 18 de marzo de 1878 por Real Orden firmada por el ministro Pavía, ya en Madrid.